ASD¶

新功能注释的effect size¶

X:不显著，√显著

• spidex中去除nonsynonymous, protein-truncating 的部分，X
• RBP-Var中likely to affect RBP-binding 的变异位点，√
• RBP的每个子类的结合区域，hnRNPL √
• RNA modifications, including m6a, m1a, m5c, and m7g, etc.，√
• miRNA, X
• radar rbp variants with high scores, X

functional analysis¶

gene level¶

SNV model: 80个风险基因，其中8个基因没有任何DNM，因此将其去除

indel model: 在SNV的基础上，新找出17个新基因，其功能富集结果如下：

SNV + INDEL model: 27 novel genes (not in the list of 102 genes)

GO

DisGeNET (gene-disease association)

下一步计划: 着重以下类别，进一步分析novel genes的致病机制。

gene traits

1) Neurodevelopmental Disorders； 2) Specific learning disability； 3) Cognition Disorders

4) Developmental Disabilities； 5) Forgetful； 6) Memory impairment

molecular

1) RNA-splicing； 2) cell morphogenesis involved in neuron differentiation

mutation level¶

着重transcriptional or post-transcriptional regulatory variants

问题¶

当一个变异有多重注释，如何确定是哪种起作用，如何确认哪种途径的影响大？

CHD¶

effect size of all annotations¶

• fix pi as 0.05

有显著effect size的功能注释：

SNV model: identified 20 risk genes, of which 8 are novel genes

for these novel genes:

GO

DisGeNET (gene-disease association)

下一步计划：

1) 确认known CHD risk genes的范畴，目前不同文章里面使用的不统一

2) novel genes和known CHD risk genes一起做PPI

3) 结合以上GO,DisGeNET富集的类别，找出novel genes作用的通路

4) 针对所有找出的risk CHD genes,试图从transcriptional or post-trans regulatory角度解析DNM的致病机制。